Laboratoire
de Biologie Médicale

 

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Recommandations préconisées par le CNR des E.coli et Shigella et du laboratoire associé au CNR

Les EHEC ou les STEC ont les mêmes caractères biochimiques que la plupart des Escherichia coli, à l’exception de E.coli O157 :H7 qui présente la particularité de ne pas fermenter le sorbitol dans la plupart des cas.

Les milieux de culture pour Entérobactéries à base de sorbitol et les milieux chromogènes, permettant de différencier les colonies utilisant le sorbitol, peuvent donc être utilisés dans l’isolement d’une souche de O157 à partir d’un prélèvement de selles.

Cependant, la recherche des STEC implique, en priorité, la détection des gènes de pathogénicité codant les Shigatoxines grâce à une méthode PCR avec un système d’amorces spécifiques des gènes stx.

Le sérotypage, à l’aide de sérums agglutinants, n’est utilisé que pour le O157 (et quelques autres STEC comme O26, O55, O91, O103) : il n’a qu’un caractère indicatif à cause de la mauvaise qualité des sérums et freine l’utilisation de cette méthode.

1. Conditions de recherche des EHEC ou STEC

Les situations les plus prioritaires où la recherche des EHEC et des STEC doit être envisagée, sont les suivantes :

• diarrhée sanglante ou glairo-sanglante chez l’enfant ou chez l’adulte, avec recherches négatives de Salmonella, Shigella, Yersinia et Campylobacter, • suspicion de syndrome hémolytique et urémique (SHU) ou de purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT), surtout chez l’enfant, • cas groupés de diarrhée sanglante.

2. Milieux de transport pour envoi des prélèvements (selles ou souches)

Les souches peuvent être conservées et envoyées dans des milieux de conservation usuels.

Pour les prélèvements de selles, les milieux de conservation conseillés sont : le milieu T.G.V. AER ou le milieu Portagerm Amies® agar.

Tous les envois se font à température ambiante, dans un triple emballage (comme recommandé par la règlementation)

Les prélèvements de selles ou de souches sont à envoyer au CNR des E. coli et Shigella (pour les adultes) ou au laboratoire associé au CNR (pour les enfants) (Fiche de renseignements : surveillance des SHU chez l’enfant de moins de 15 ans - selles ou sérums).

3. Isolement et identification des EHEC et STEC

3.1. Milieux d’isolement

• Milieux pour isolement des EHEC : milieux usuels pour entérobactéries (Drigalski, BCP, EMB, etc.) ou des milieux chromogènes plus spécifiques (CPS ID2, CPS ID3 : Attention, ces milieux n’ont pas d’autorisation de mise sur le marché pour une utilisation sur selles). • Milieux pour E. coli O157:H7 : Gélose SMAC CT (Mac Conkey sorbitol + céfixime + tellurite de potassium) ou Gélose Mac Conkey sorbitol + BCIG ou Gélose Mac Conkey sorbitol.

3.2. Séro-agglutinations pour les souches de E. coli O157

• Sérum immun anti-E. coli O157 • E. coli O157 test au latex • E. coli O157 Dryspot

3.3. Séro-agglutinations des souches de EHEC

Plusieurs choix de sérums sont proposés :

• Sérum agglutinant nonavalent avec 3 mélanges de 3 sérums* ; • Sérums trivalents avec 4 mélanges de 3 sérums * ; * Les mélanges I et III contiennent les sérums agglutinant les souches les plus fréquemment rencontrées parmi les EHEC en dehors du sérogroupe O157.

• Sérum pentavalent (O26, O91, O103, O111, O128, O145) : Seroscreen Dryspot ; • Sérums monovalents 12 sérums : les sérums indispensables sont les sérums O26, O55, O111 (mélange I). Les sérums O114, O125, O126 et O128 sont moins prioritaires.

4. Caractérisation de la virulence des souches de STEC : Détection des gènes stx codant les Shigatoxines

La détection des gènes stx a une très grande importance pour caractériser les souches de STEC. Cette méthode doit être préférée, si cela est possible, à la séro-agglutination, même si celle-ci constitue un élément important dans l’identification des souches de STEC. Le système PCR de Lin et al. 1993 [27] est conseillé pour la détection de tous les gènes de shigatoxines (stx1, stx2 et variants).

5. Caractérisation moléculaire des souches de STEC

En ce qui concerne la caractérisation moléculaire des souches de STEC (PCR des gènes de pathogénicité (stx1, stx2, eae, hlyA), ribotypie, électrophorèse en champ pulsé), le CNR et le laboratoire associé au CNR réalisent ces analyses gratuitement à titre d’expertise.

Sites officiels • Institut de Veille Sanitaire • D.G.S. (alertes sanitaires) • ANSES • CNIL • O.M.S. (Centres collaborateurs)

Dernière mise à jour le lundi 2 octobre 2017 | Plan du site | Mentions légales | Se connecter